211工程和985大学：高校财政支持之争
不过，每每会有学者与社会人士批评，在这样的“财富榜单”背后存在着巨大的资源分配不平等。
据相关人士称，榜单中的不少高校将在新一年内获得更多财政支持，清华大学新一年的国家财政拨款将提升6.58亿，浙大、上交、武大等高校多有1至2亿不等的增长，它们“有钱”并将持续“有钱”下去。
而从高校支出的大头科研经费来说，据教育部此先统计，2013年科研经费最多的高校是清华大学，总金额达到39.31亿元，其中财政拨款为27.75亿元，占到全部经费的70.6%。财政拨款占比最高的是北京大学（86.5%），其次是复旦大学（84.8%），大多数985高校科研经费的财政拨款占比都在60%以上。211高校科研经费的财政拨款则一般都在40%以上。而非211、985的高校科研经费最多为4.6亿元（西南石油大学），其中仅26.1%为财政拨款，73.9%为自筹。
此先有学者批评985与211工程带来了巨大的资源分配不平等，指2009至2013年间，属于这两个工程的高校拿走全国近70%科研经费。辩护者称现有制度合理的一面为科研资金投入带来了更高效率，也不可忽视不同高校的科研任务、办学规模、科系设置等多重差异。今年3月，教育部长袁贵仁在政协会议上否认了取消国家将“211”、“985”的传闻，称“（两个工程）继续坚持做下去，这个方向没有变”。
此外，教育界的国家工程并未停止，继985、211之后的“2011计划”已于2012年正式启动，不过，新计划中有不少非985、211高校等享受到了这一计划的支持，包括河南农业大学、云南农业大学等。
如何调节高校财政支持的效率与公平两方面，持续成为今天的争议性话题。
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